Фамилия Калибубин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Если отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Калибубы), в основе лежит прозвище Калибуба. Оно звучит как минимум нестандартно, и здесь стоит сразу разобрать два основных варианта происхождения.

Первый, и самый правдоподобный, ведёт к тюркским корням. В тюркских языках слово «калы» или «кали» могло означать «толстый», «крепкий», «сильный», а «буба» (или «боба») — «дед», «старик» или «отец». Прозвище Калибуба в таком случае могло означать «крепкий старик» или «большой дед» — возможно, так называли уважаемого, физически сильного или дородного человека. Учитывая, что множество русских фамилий с суффиксом -ин образовано от тюркских прозвищ (вроде Балабанов, Кабанов), эта версия наиболее логична.

Второй вариант — чисто русское, но более редкое объяснение. В северных и сибирских говорах «калибуба» могло быть шуточным или пренебрежительным прозвищем для человека, который постоянно «калит» (жарит, печёт) или «бубит» (ворчит, бормочет). Однако это менее вероятно: прозвища с такой глагольной конструкцией обычно выглядят как Кали-буба, где вторая часть — самостоятельное слово, а не глагольный корень. Скорее всего, это народная этимология, возникшая уже после того, как фамилия закрепилась.

Географически фамилия Калибубин встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье — регионах, где исторически был силён тюркский субстрат. Это косвенно подтверждает первую версию. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или однодворцев, получивших прозвище по внешней или характерной черте предка.

Словообразовательная модель проста: тюркское прозвище Калибуба + русский патронимический суффикс -ин. Если бы фамилия формировалась от русского слова, она, вероятно, звучала бы иначе — например, Калибубов (по модели «отцовство»). Суффикс -ин здесь — прямое указание на то, что основа была личным прозвищем, а не нарицательным существительным.