Фамилия Калинихин образована от прозвища Калиниха, которое, скорее всего, получила жена человека с мирским именем Калина. Фамилии, образованные от женского прозвища, весьма немногочисленны, поскольку традиционно за основу бралось имя отца как родоначальника и главы семейства. Таким образом, потомок женщины, обладающей прозвищем Калиниха, со временем получил фамилию Калинихин.