Фамилия Калле — редкий пример, где основа не славянская, а прибалтийско-финская, и суффиксальная модель отсутствует. В русском контексте это нетипичная фамилия: она не оформлена типовыми суффиксами -ов, -ин или -ский, а значит, попала в русскую среду либо как заимствованная целиком, либо как искусственно зафиксированная в документах.

Самая вероятная версия — что Калле восходит к эстонскому или финскому мужскому имени Kalle. В Эстонии и Финляндии это краткая форма от Карл (Kalle — местный аналог русского «Коля»). В таком случае фамилия образована от личного имени напрямую, без дополнительных формантов — по модели, распространённой в прибалтийско-финских языках, где фамилии нередко совпадают с именем или прозвищем. Предок мог быть эстонцем, финном или ингерманландцем, которого в документах записали просто по имени.

Вторая, менее вероятная гипотеза — что Калле происходит от немецкого или французского слова, означающего «каллиграфия» или «красивый почерк» (от греч. kallos — красота). Но в русской антропонимии такие прямые заимствования без адаптации почти не встречаются, а в Европе фамилия Kallé/Kalle обычно имеет ту же именную основу.

Географически фамилия Калле в России тяготеет к северо-западу: Ленинградская область, Карелия, бывшие территории Ингерманландии. Там она могла возникнуть у потомков финнов-ингерманландцев или эстонских переселенцев. Встречается и в Эстонии, где считается обычной.

С точки зрения словообразования, это фамилия без суффикса — «чистая» основа. В русской традиции такие фамилии редки и часто указывают на нерусское происхождение. Если бы фамилия осваивалась по-русски, её превратили бы в Каллев или Каллеев — но этого не произошло, что говорит о сохранении исходной формы.

По сословной принадлежности определённых данных нет: носители могли быть крестьянами, мещанами или горожанами, но в прибалтийско-финской среде фамилии у простого народа закрепились позже, чем в центральной России, — в основном в XIX веке.