Фамилия Каллистова — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а греческое слово, означающее «прекраснейший». Это женская форма фамилии Каллистов, которая происходит от мужского имени Каллист. В православных святцах имя Каллист встречалось нечасто, но было известно: его носили несколько раннехристианских святых и римских пап. В Россию имя попало вместе с греческой церковной традицией, но быстро вышло из обихода, оставшись в основном в монашеской среде или у духовенства.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на принадлежность. Каллистова — буквально «дочь (или жена) Каллиста». В крестьянской среде такие фамилии на -ов/-ев обычно закреплялись за потомками человека, носившего редкое календарное имя. Однако здесь есть важная деталь: фамилия Каллистов могла быть не только «именной», но и семинарской. В духовных училищах ученикам часто давали фамилии по значению греческих слов, и Каллистов (от греч. kallistos — «наилучший») давали либо самому красивому ученику, либо отличнику — как своего рода прозвище-комплимент, ставшее официальной фамилией.

Географически фамилия тяготеет к центральным губерниям России, где было сильно влияние духовных академий: Московской, Тверской, Ярославской, Владимирской. Встречается она и в южных регионах, но реже. При этом важно не путать Каллистову с похожей фамилией Каллистратова, которая образована от более распространённого полного имени Каллистрат.

Спорных версий происхождения практически нет: греческое происхождение ясное, альтернативная гипотеза о связи с тюркскими корнями не подтверждается ни фонетикой, ни историей бытования. Единственный нюанс — иногда фамилию ошибочно записывали через одно «л»: Калистова, что меняет ударение и затемняет смысл. В дореволюционных метриках встречаются оба варианта, но правильное написание с двойным «л» восходит к греческому оригиналу.