Фамилия Каллистратов — одна из тех, что напрямую отсылает к церковному календарю, но с неожиданным смысловым поворотом. В её основе лежит редкое крестильное имя Каллистрат (от греческого kallistratos — «прекрасный воин»). Однако в народном сознании это имя часто переосмысливалось, сближаясь с понятием «калита» (мошна, кошель) или даже с глаголом «калиться». Отсюда и возникла просторечная форма Калистрат, которая была куда популярнее, чем книжный вариант.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на твёрдый согласный добавляется суффикс -ов. Таким образом, Каллистратов буквально значит «сын Каллистрата». Форма с двойным «л» (Каллистратов) — это книжное, часто семинарское написание, которое старались закрепить за фамилией в официальных документах, чтобы подчеркнуть её связь с греческим оригиналом. В быту же и в метрических книгах XIX века гораздо чаще встречался вариант Калистратов (с одной «л»).

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, особенно к Курской, Воронежской и Тамбовской областям. Это типичная крестьянская фамилия, которая могла принадлежать и духовенству, но в основном — государственным и помещичьим крестьянам. Дворянской эта фамилия не была: слишком редкое имя давали в основном простым людям, а не знати.

Интересно, что, несмотря на «воинственное» значение имени, носители фамилии Каллистратовы редко были военными. В сословном обществе имя Каллистрат чаще встречалось среди крестьян и мещан, чем среди дворян, которые предпочитали более привычные имена. Поэтому предки современных Каллистратовых — это, скорее всего, земледельцы или ремесленники, получившие фамилию по имени деда или отца, который носил редкое церковное имя, но в повседневной жизни звался Калистратом.