Фамилия Каллистов образована от канонического мужского имени Каллист. В основе — греческое «каллистос», что значит «прекраснейший». Такое имя давали в честь святого Каллиста, папы римского III века, или мученика Каллиста, пострадавшего за веру. В святцах это имя встречается, но редко, поэтому и фамилия считается нечастотной.

Словообразовательная модель простая: к основе имени Каллист прибавили русский патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Каллистов — буквально «сын Каллиста». Это типичная семинарская фамилия. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии по именам святых или по греческим корням, чтобы подчеркнуть книжное происхождение. Поэтому Каллистовы — скорее всего потомки людей из духовного сословия: священников, дьяконов или причетников.

В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь работает суффикс -ов, что указывает на мужское имя с твёрдым окончанием. Иногда можно встретить вариант Каллистовский — с суффиксом -ский, типичным для польской или украинской традиции, но основная русская форма — именно Каллистов.

Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда. В дореволюционных справочниках Каллистовы фиксировались в центральных губерниях и в Сибири, куда ссылали или переводили священников. Сравнить её можно с фамилиями Аполлонов, Афиногенов или Макаров — все они образованы от редких церковных имён и несут отпечаток книжной культуры.

Споров о происхождении почти нет: версия с греческим именем Каллист — единственная убедительная. Соблазнительно связать фамилию с греческим «каллистратос» («прекрасный воин»), но это другое имя, Каллистрат, от него пошла бы фамилия Каллистратов. Так что Каллистов — это именно «прекраснейший», без военного оттенка.