Фамилия Калистратов — одна из тех, что образована от полной формы крестильного имени, без уменьшительных или прозвищных суффиксов. В основе лежит мужское имя Калистрат, которое пришло на Русь вместе с православием из греческого языка. В переводе Κаллистраτος означает «воинская краса»: первая часть восходит к «каллос» (красота), вторая — к «стратос» (войско, воин).

Модель образования здесь простейшая и самая массовая для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к имени отца, отвечая на вопрос «чей сын?». Калистратов буквально — сын Калистрата. Такая схема закрепилась в центральных и северных губерниях России, в то время как на юге и западе чаще использовали суффикс -енко или -ук.

Имя Калистрат в святцах встречается, но никогда не было частым. В народе его могли адаптировать: в быту Калистрата звали Калистраткой или просто Калистратом — без сокращения до коротких форм вроде Кали или Страт. Поэтому фамилия Калистратов могла возникнуть в среде, где имя употребляли без обиходных усечений, то есть в грамотных или церковных семьях, либо у крестьян, строго следовавших записи в метрике.

По сословной принадлежности Калистратовы не привязаны к какому-то одному кругу: носители фамилии встречаются и среди духовенства, и среди крестьян, и в купечестве. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в разных губерниях — от Тверской до Астраханской, что говорит о самостоятельном возникновении в нескольких регионах, а не о едином родовом гнезде.

Редкость фамилии делает её особенно ценной для генеалогии: найти носителя в дореволюционных записях проще, чем у распространённых Ивановых или Смирновых, а значит, восстановить историю конкретной ветви Калистратовых — задача реальная.