Фамилия Каллы — редкий случай, когда форма множественного числа в именительном падеже застыла в качестве родового прозвища. В русской ономастике такой тип оформления (окончание -ы, -и) характерен для фамилий, произошедших от названий целых семей, родов или групп людей, объединённых одним признаком. Если перед нами русская фамилия, то её основа, скорее всего, восходит к прозвищу Калла — человеку с какой-то заметной особенностью. Но сразу оговоримся: это может быть и русифицированная форма иноязычной фамилии, например, тюркской или кавказской.

Разбирая возможное русское происхождение, стоит обратить внимание на слово «кал» в его старом значении — «грязь, нечистота». В диалектах «кала» или «кал» могло означать «болото, топь» или «жидкую грязь». Прозвище Калла могли дать неопрятному человеку, либо тому, кто жил у болотистого места. Суффикса -ов или -ин здесь нет, что указывает на более архаичный способ образования фамилии — через форму родительного или множественного числа: «Из семьи Калл» или «Каллы» (как ответ на вопрос «чьи вы?»). Такие фамилии (Седых, Чутких, Каллы) чаще встречались на севере и в центральной России.

Однако есть и другая, не менее вероятная версия. Фамилия Каллы могла возникнуть из тюркского имени или прозвища «Каллы» (с ударением на последний слог), что в некоторых тюркских языках значит «кровавый» или «кровожадный». В Крыму, на Северном Кавказе и в Поволжье встречаются тюркские фамилии с таким корнем. В этом случае русское окончание -ы просто адаптировало исходное слово под местную грамматику. Наконец, нельзя исключать связь с калмыцким словом «кал» — «закон» или «обычай»: «Каллы» могло означать «законник», «блюститель порядка».

География фамилии сегодня размыта: Каллы встречаются и в русских сёлах, и в городах Кавказа, и в Средней Азии. Из-за редкости и многозначности корня однозначно определить этническую принадлежность предков без генеалогического исследования невозможно. Самое правдоподобное — что в каждом конкретном роду фамилия возникла независимо: у одних как прозвище по месту или характеру, у других — как адаптация иноязычного имени.