Фамилия Каллю — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не вписывается в стандартные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её происхождение почти наверняка неславянское, и разбирать её стоит через географию и возможные языковые корни, а не через типичные суффиксы.

Самый вероятный источник — регион, где русский язык соприкасался с финно-угорскими языками. Фамилия Каллю могла возникнуть на северо-западе (например, в Карелии, Ленинградской области или у ижор) либо в Прибалтике. В эстонском и финском языках есть слово «kallu» — «упрямец», «своенравный человек», а также «kallio» — «скала», «камень». Прозвище Каллю могли дать человеку с твёрдым, несговорчивым характером либо, реже, по месту жительства — у скалистого берега или на каменистой почве.

Другая, менее вероятная версия — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «кал» означает «оставайся», «останься», а удвоение или суффикс могли дать форму «Каллю». Но для тюркских фамилий такая модель нехарактерна, и без письменных подтверждений эта гипотеза слабая.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Каллю встречается эпизодически, чаще всего у крестьян и мещан из Олонецкой и Санкт-Петербургской губерний. Носители, вероятно, были выходцами из карельских или водских деревень, где фамилии часто образовывались от прозвищ без добавления русских суффиксов. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной — по данным современных телефонных справочников, в России живут не более нескольких десятков семей с такой фамилией, сосредоточенных в основном на Северо-Западе.

Таким образом, фамилия Каллю — это, скорее всего, застывшее финно-угорское прозвище, которое пришло в русский быт без изменений. Её обладатели — потомки людей, которых окружающие запомнили как упрямых или «каменных» по характеру.