Фамилия Калю — редкая и, скорее всего, нерусская по происхождению. Её основа, предположительно, восходит к эстонскому слову kalju, что значит «скала». Прозвище Калю могли дать человеку крепкому, стойкому, надёжному — как морально, так и физически. Однако это лишь одна из версий.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет привычных для русских фамилий суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Она застыла в форме, близкой к исходному прозвищу или имени, что типично для фамилий прибалтийского происхождения. Такие фамилии часто встречаются у эстонцев, латышей и литовцев, а в России — в регионах, граничащих с Прибалтикой, например в Псковской или Ленинградской областях.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает фамилию Калю с украинским или белорусским диалектным словом «каля» — «возле, около». В этом случае прозвище могло указывать на место жительства: «тот, кто живёт у чего-то» (у реки, у леса). Но эстонский корень выглядит убедительнее, так как фамилия практически не встречается в центральной России и на юге.

Фамилия Калю — пример того, как географическое соседство народов оставляет след в антропонимике. В отличие от фамилий на -ов и -ин, которые массово формировались в Московской Руси, такие фамилии, как Калю, — более поздние или локальные, сохранившие исходное звучание без адаптации к русским моделям.