Фамилия Калюстин — одна из тех, где внешняя простота обманчива, а корень уходит в диалектную лексику. В основе, скорее всего, лежит прозвище Калюстый. В южнорусских и украинских говорах «калюстый» означало «косой», «кривой» или «смотрящий искоса». Прозвище могли дать человеку с дефектом зрения (например, с бельмом на глазу) или с характерной манерой смотреть исподлобья, недоверчиво. Таким образом, Калюстин — это буквально «сын Калюстого».

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от основ на -а/-я. Если бы фамилия происходила от имени Калюста (гипотетической уменьшительной формы от, скажем, Каллистрат или Калерия), мы бы ожидали ту же форму, но прозвищная версия выглядит убедительнее: имя Калюста нигде не фиксируется, а диалектное слово «калюстый» хорошо задокументировано в словарях русских народных говоров.

Встречаются и альтернативные толкования. Например, связь с глаголом «калюкать» (говорить сбивчиво, заикаться) или с «калека» — но в этом случае мы бы имели основу на -ек/-ец, а не на -уст. Версия с «калюстый» держится прочнее благодаря словообразовательной прозрачности: суффикс -уст- в русском языке активно используется для обозначения внешнего признака (горбастый, носастый).

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых. Географически её следы ведут в основном в Центральную Россию и Поволжье, где фиксировались крестьяне с таким прозвищем. В дворянских родословных книгах Калюстины не значатся — фамилия однозначно крестьянская или мещанская по происхождению. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается вариант Калюстов — с более стандартным суффиксом -ов, что говорит о неустоявшемся написании в эпоху, когда фамилии только закреплялись за родом.