Фамилия Кандюкин образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «сын Кандюки». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Кандюка. Что оно означало — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть несколько версий, и одна из них заметно правдоподобнее других.

Самое вероятное объяснение — связь с диалектным словом «кандюк». В южнорусских и украинских говорах так называли желудок животного, особенно свиной, начиненный мясом или кашей, — своего рода домашняя колбаса. Прозвище Кандюка могли дать либо мяснику, либо человеку с большим животом, либо тому, кто любил плотно поесть. Такие прозвища по физическим особенностям или роду занятий были обычным делом в крестьянской среде. Менее вероятна, но всё же возможна связь с тюркским словом «кандык» — так на Алтае и в Сибири называют дикорастущее съедобное растение, похожее на лилию. Если предки носителя фамилии жили в тех краях, прозвище могло возникнуть оттуда, но для фамилии Кандюкин это скорее экзотическая версия, чем основная.

Суффикс -ин, а не -ов, подсказывает, что исходное прозвище оканчивалось на -а или -я: Кандюка. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, хотя встречается повсеместно. Встречаются также варианты написания — Кандюков, — которые могли возникнуть при переписи или под влиянием более распространённой модели на -ов. В архивных записях фамилия встречается нечасто, что говорит о её относительно локальном бытовании. Скорее всего, предки Кандюкиных были крестьянами или ремесленниками из южнорусских губерний, где слово «кандюк» было в ходу.