Фамилия Кандюкина — это женская форма фамилии Кандюкин. В её основе лежит прозвище или имя Кандюка. Это слово не встречается в современных словарях русского литературного языка, что указывает на его диалектное или профессиональное происхождение. Скорее всего, оно образовано от глагола «кандючить» (или «кандыхать»), который в ряде южнорусских и украинских говоров означал «ковылять», «идти с трудом», «прихрамывать». Человек с такой походкой мог получить прозвище Кандюка. Со временем прозвище закрепилось как фамильное имя, а суффикс -ин указал на принадлежность: «чей?» — Кандюкин, то есть сын или потомок Кандюки.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркским словом «кандык» — так называют растение из семейства лилейных, а также сладкий напиток из него. Если предок занимался сбором или продажей такого корня, прозвище могло возникнуть по роду занятий. Однако фонетика («дю» вместо «ды») и ареал фамилии склоняют к первой версии.

Фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку. Основной массив носителей сосредоточен в Воронежской области, а также встречается в соседних Липецкой, Тамбовской и Ростовской областях. Это типичная «гнездовая» фамилия, которая не разошлась широко по стране, а осталась локальной. По сословной принадлежности предки Кандюкиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, так как фамилии на -ин у крестьян центрального Черноземья активно формировались в XVIII–XIX веках.

В написании фамилии возможен вариант через «а» — Кандюка, что характерно для акающих говоров. В документах XIX века можно встретить написание «Кандюкинъ» с твёрдым знаком на конце. Сегодня фамилия сохраняет статус редкой, и её носители, вероятно, связаны родством, так как происходят из одного региона.