Фамилия Канупа — редкая, и её происхождение почти наверняка не связано с русским языком. В русской ономастике отсутствует корень «кануп-», а сама фамилия не вписывается в типичные славянские словообразовательные модели (суффиксы -ов, -ин, -ский и т.д.). Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из языков народов Кавказа или тюркской группы.

Наиболее правдоподобная версия ведет к адыгским (черкесским) фамилиям. В адыгском языке существует фамилия Канупа (Канупов), которая образована от личного имени Канупа. Это имя, в свою очередь, может состоять из двух частей: «кан» (кровь, род, или же тюркское «хан») и «упа» (сын, потомок). Таким образом, имя могло означать «сын хана» или «кровный родственник». Встречается эта фамилия среди адыгейцев, кабардинцев и черкесов, особенно в диаспоре, рассеянной по Ближнему Востоку и Турции.

Альтернативная, но менее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «кануп» могло быть искажением слова «канун» (закон, правило) или прозвищем, связанным с понятием «кровь» (кан). Однако форма на -па скорее указывает на адыгский формант, чем на тюркский суффикс.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Канупа в Российской империи, скорее всего, были горцами, принявшими российское подданство. В советское время фамилия могла русифицироваться через добавление суффикса -ов (Канупов), но в исходной форме Канупа она сохранилась как память о национальном корне. Географически в России она встречается в основном в Краснодарском крае, Адыгее и Кабардино-Балкарии.