Фамилия Капота — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в её основу, почти наверняка связано с одеждой, но не с той, что приходит на ум первым делом. Вопреки современным ассоциациям с автомобильным капотом, слово это гораздо старше машин. В русских говорах «капотой» называли просторный женский халат или верхнюю домашнюю одежду, иногда — мешковатый балахон. Соответственно, прозвище Капота могли дать человеку, который постоянно ходил в такой одежде, либо портному, шившему подобные вещи.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Фамилия застыла в форме чистой основы, без типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Это указывает на её возможное происхождение из украинской или белорусской среды, где такие «голые» фамилии (Коваль, Швець, Капота) встречаются гораздо чаще, чем в великорусских землях. В польском языке «kapota» также означала плащ или кафтан, что расширяет ареал бытования на западные регионы бывшей Речи Посполитой.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «капотать» — ковылять, ходить вразвалку. В этом случае прозвище описывало бы походку человека. Однако связь с предметом одежды остаётся более надёжной, поскольку слово «капота» в значении «халат» фиксируется в словарях русского языка XIX века, а глагольная форма — лишь в узких местных говорах.

Сословно фамилия Капота, скорее всего, принадлежала крестьянам или мещанам — прозвища по бытовой детали редко давали дворянам. Встречается она нечасто, в основном на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. Носители фамилии — это потомки человека, которого в деревне знали по его неизменному балахону или халату, что в условиях традиционного костюма было заметной приметой.