Фамилия Карпота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию без изменений, не обрастая типичными суффиксами -ов, -ин или -ский. В ней нет родового окончания, которое указывало бы на принадлежность («чей?»), поэтому перед нами так называемая «окаменевшая» форма: имя или прозвище в чистом виде, каким его дали первому носителю.

Основа фамилии — южнорусское или украинское слово «карпота». В говорах так называли невысокого, коренастого человека, иногда с оттенком «крепкий, сбитый». Слово родственно «карпу» (рыбе) и, вероятно, имеет ту же образную логику: карп — рыба плотная, широкотелая, не быстрая. Прозвище Карпота могли дать человеку с такой фигурой или походкой. Вторая, менее распространённая версия связывает корень с диалектным «карпать» — делать что-то небрежно, кое-как. Тогда Карпота — прозвище неаккуратного работника или того, кого называли «тяп-ляп».

География фамилии подсказывает, что её ядро — юго-запад России и восток Украины: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также бывшие слобожанские земли. В северных регионах и Сибири Карпота почти не встречается. Это указывает на диалектную природу прозвища: оно бытовало там, где говорили на переходных говорах между русским и украинским.

С точки зрения социального происхождения Карпота — скорее всего, крестьянская фамилия. В реестрах казачества или купечества она не зафиксирована, а в переписных книгах XVII–XVIII веков такие бессуффиксные прозвища чаще встречались у черносошных крестьян и однодворцев южных окраин. Позже, при закреплении фамилий, часть носителей могла получить вариант с суффиксом — Карпотин, но сама форма Карпота сохранилась как более архаичная.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. Встречается в основном в сёлах Черноземья, причём иногда в написании через «а» — Карпата, что отражает местное аканье. Единого литературного варианта нет, но в документах чаще пишут через «о».