Фамилия Капотовы образована от прозвища Капот, которое, скорее всего, связано с предметом одежды. Слово «капот» имело в разных русских говорах неодинаковое значение: в нижегородских — длинный крестьянский кафтан, в южнорусских — шинель или плащ, а в литературном языке XIX века так называли женское верхнее платье с рукавами и разрезом спереди. Такая разница в значениях затрудняет точную географическую привязку фамилии, но указывает на её бытовые, а не книжные корни.

По модели образования фамилия Капотов — типичная патронимическая фамилия на -ов, то есть «сын Капота». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду человека с этим прозвищем. Само прозвище могло возникнуть двумя путями. Первый — профессиональный: Капотом могли прозвать портного, который шил такую одежду, или торговца, который её продавал. Второй — иронический: так могли назвать человека, носившего старомодный, нелепый или слишком ветхий кафтан. Вторая версия встречается в ономастике реже, но правдоподобна — прозвища по характерной детали внешнего вида давали часто.

С точки зрения словообразования фамилия Капотов ничем не выделяется на фоне десятков тысяч других русских фамилий, образованных от прозвищ, но её основа необычна. Однокоренных фамилий в русском языке немного: Капоткин, Капотников (последняя — с более явным указанием на ремесло). Это косвенно подтверждает, что прозвище Капот было либо локальным, либо не слишком распространённым.

Точное место возникновения фамилии Капотов установить сложно: письменные источники по таким бытовым прозвищам разрозненны. Однако можно предположить, что её носители происходят из регионов, где слово «капот» бытовало в одном из указанных значений — скорее всего, из центральной России или Поволжья. Фамилия зафиксирована в современных списках, но не относится к числу частых.