Фамилия Капыс — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не типичная русская фамилия, а скорее тюркская по происхождению, сохранившая исходную форму без русификации.

В тюркских языках (особенно в казахском, киргизском, татарском) «капыс» или «капус» имеет несколько значений. Самое распространенное — «крепкий», «сильный», «выносливый». В переносном смысле так могли называть человека с крепким здоровьем, упрямого или физически мощного. В некоторых диалектах слово «капыс» означало «закрытый», «замкнутый» — прозвище для необщительного человека. Есть и бытовая версия: в карачаево-балкарском языке «къапыс» — это «дверь» или «ворота», и фамилия могла закрепиться за привратником, сторожем или человеком, жившим у ворот.

Вторая возможная линия — кавказская. В адыгских языках (черкесский, кабардинский) встречается основа «капс» со значением «сухой», «высохший». Прозвище Капыс могли дать худощавому или загорелому человеку. Фамилия с таким корнем встречается у адыгов и карачаевцев, причем часто в форме Капсов или Капсиев, но вариант без суффикса — Капыс — тоже фиксируется.

Поскольку фамилия не содержит русского патронимического суффикса, она почти наверняка попала в русские документы из переписей или метрических книг в неизменном виде. Носители фамилии Капыс в России сегодня — это, как правило, потомки тюркских или кавказских народов, либо люди, чьи предки получили фамилию по прозвищу при записи в казачье или крестьянское сословие. Встречается фамилия в Ставропольском крае, Карачаево-Черкесии и в Казахстане.

Однозначного толкования нет: корень слишком короткий, а языков, где он мог бы существовать, много. Но если выбирать наиболее вероятную версию, то это тюркское прозвище «крепкий» или «выносливый» — такое имя давали человеку, на которого можно положиться.