Фамилия Капыцина — женская форма, а её мужской вариант — Капыцин. Она образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Капыцин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Капыца. Основа здесь — слово «капыца», которое в русских говорах имело несколько значений, и это даёт ключ к происхождению.

В диалектах, особенно в южнорусских и центральных областях, «капыца» — это уменьшительное от «капа» или «капля». В переносном смысле так могли назвать человека невысокого роста, щуплого или того, кто «капает» — надоедливо просит, жалуется. Но есть и более конкретная версия: в некоторых регионах «капыцей» называли деревянный ковш или черпак, которым доставали воду. Тогда прозвище мог получить мастер, делавший такую утварь, или человек, чем-то напоминавший этот предмет — например, сутулый или сгорбленный.

Суффикс -ин в фамилиях этого типа характерен для северных и центральных областей России, где в ходу была краткая форма притяжательного прилагательного. Капыцины, скорее всего, выходцы из среды крестьян или ремесленников: прозвище Капыца не книжное, а бытовое, народное. В отличие от фамилий на -ов (от полных имён) или -ский (от названий мест), эта фамилия прямо отсылает к внешности, характеру или занятию предка.

Фамилия редкая. Встречается в основном в Тверской, Смоленской и некоторых соседних областях, что подтверждает её диалектную основу. Сравните с однокоренными Капцов, Капкин — все они идут от схожих корней, но Капыцина выделяется уменьшительным суффиксом -иц-, который придаёт прозвищу оттенок ласкательности или иронии. В официальных документах XIX века, например в ревизских сказках, такая фамилия могла фиксироваться с разным написанием: Капицын, Капыцын — из-за нестабильности безударной гласной.