Фамилия Капыцын — хороший пример того, как одна буква в суффиксе может рассказать о происхождении точнее, чем корень. Она образована по модели «-ын», а не более распространённой «-ин». В русской ономастике суффикс -ын обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я, но с некоторыми фонетическими оговорками. В случае с Капыцыным всё проще: перед нами вариант написания, закрепившийся в письменной традиции. Фактически, это та же модель, что и в фамилиях Капицын или Капыстин, но с другим корнем.

Корень фамилии — «капыц-» или, в более архаичном виде, «капыч-». Самая прямая версия ведёт к прозвищу Капыч, которое могло означать человека с какими-то особенностями речи или поведения. В русских говорах слово «капычить» имело значение «говорить невнятно, бормотать» или «ковыряться, делать что-то медленно». Прозвище Капыч давали либо неразборчивому в речи человеку, либо кропотливому, медлительному работнику. Вторая версия связана с диалектным «капыца» — так в некоторых областях называли небольшую лопатку или совок для углей, то есть прозвище могло относиться к печнику или человеку, работавшему с огнём.

В пользу первой версии говорит распространённость подобных прозвищ, образованных от глаголов звукоподражательного характера. Фамилия Капыцын — относительно редкая, её географическое ядро, судя по доступным данным, тяготеет к центральным и южнорусским областям, где такие говоры были в ходу. Она не имеет отношения к дворянским родам и, скорее всего, принадлежала крестьянам или посадским людям, получившим фамилию по уличному прозвищу предка.