Фамилия Карабарин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самый вероятный путь её возникновения — от прозвища или мирского имени Карабар. В русской ономастике есть целый пласт фамилий, образованных от слов, связанных с цветом, и основа «кара-» здесь — явный тюркский след. В тюркских языках «кара» означает «чёрный», «тёмный», «смуглый». Однако полная форма «Карабар» не является прямым заимствованием из какого-то одного языка; скорее всего, это сложное слово, где вторая часть может восходить к тюркскому «бар» — «есть», «имеется», или к иранскому «бар» — «груз», «ноша». В результате прозвище Карабар могло означать «чернобородый» (сравните с тюркским «кара сакал») или «смуглый, темнокожий человек».

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность. Карабарин — это «чей?» — сын Карабара. Такая форма в XVI–XVII веках была распространена в южнорусских и поволжских землях, где активнее шли контакты с тюркскими народами. Не исключено, что прозвище могло закрепиться за человеком, который вёл торговлю с южными соседями или сам имел тюркские корни. Вторая, менее правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «карабар» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, нерасторопного человека. Но эта гипотеза слабее, так как не имеет широкого подтверждения в словарях.

Интересно, что фамилия Карабарин практически не встречается за пределами России и не образует крупных гнёзд в соседних славянских странах. Это указывает на достаточно локальное бытование. Скорее всего, предки носителей этой фамилии жили в районах, где проходили границы расселения русских и тюркских народов — например, в бывшей Казанской или Астраханской губерниях. Однокоренных фамилий, вроде Карабаров или Карабардин, почти нет, что делает Карабарина уникальным ономастическим «экземпляром».