Фамилия Караганов происходит от прозвища Караган. В основе лежит слово «караган» — так в степях называют один из видов лисицы, корсака. Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство с этим зверем, хитрость или рыжеватый цвет волос. Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а- прибавился суффикс -нов (фонетический вариант -ов после твёрдого согласного). Иначе говоря, Караганов — это «сын Карагана», то есть потомок того, кого прозвали Караганом.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В тюркских языках «караган» может означать «караульный», «стражник» (от «кара» — смотреть, наблюдать). В этом случае прозвище относилось к человеку, который нёс сторожевую службу или отличался бдительностью. Учитывая, что фамилия бытует в южнорусских и поволжских областях, где веками соседствовали славянские и тюркские народы, оба объяснения имеют право на существование. Первое — зоологическое — кажется более прямым и бытовым, второе — социальное — более редким, но не менее убедительным.

Суффикс -ов однозначно указывает на то, что фамилия оформлена по русской патронимической модели. Она не могла возникнуть раньше XVI–XVII веков, когда этот тип фамилий массово закрепился у крестьян и служилых людей. Встречаются варианты написания: Караганов и, реже, Короганов (с «о» в первом слоге — результат аканья на письме).

Однокоренные фамилии — Карагин, Карагаев, Карагашкин — образованы от тех же или близких основ, но с разными суффиксами. Сравнение показывает, что Караганов — одна из самых распространённых в этой группе, что говорит о широком бытовании исходного прозвища. Точной географии расселения носителей фамилии по документам нет, но логично предположить, что её корни — в районах Оренбуржья, Нижнего Поволжья или Дона, где степная фауна и тюркские заимствования в языке — обычное дело.