Фамилия Карагергина звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Она явно несёт в себе иноязычную основу, скорее всего, греческую или тюркскую, что типично для юга России, Кубани, Крыма и Приазовья. В основе фамилии лежит греческое имя или прозвище. Первая часть «Кара-» в греческом языке означает «чёрный», а вторая часть «-гергина» — это диалектный или народный вариант имени Георгий (Георгиос). Таким образом, Карагергина — это «Чёрный Георгий». Такое прозвище могли дать смуглому или темноволосому человеку по имени Георгий, либо, что менее вероятно, оно могло относиться к святому Георгию в определённом иконографическом изводе.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её женскую форму. Окончание «-а» — это типичный русский показатель женского рода, образованный от мужской фамилии Карагергин. Сама мужская фамилия построена по русской модели с суффиксом «-ин», который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или «а». Это значит, что предок носительницы фамилии, скорее всего, был записан как Карагергин. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «Карагергин», то есть сын или потомок Карагерги (Чёрного Георгия).

В отличие от многих греческих фамилий на «-иди» или «-пуло», которые часто оставались неизменными, Карагергина была адаптирована под русскую грамматику. Это говорит о том, что её носители жили в среде, где русский язык был основным, и фамилию русифицировали при записи в метрические книги или ревизские сказки. Географически такую фамилию стоит искать среди греков-переселенцев, которые в XVIII–XIX веках основали колонии в Новороссии и на Кубани (например, Мариуполь, Таганрог, Ейск). Там фамилии с основой «Кара-» встречаются часто.

Версия о тюркском происхождении менее вероятна, но её нельзя исключать полностью. В тюркских языках «кара» тоже означает «чёрный», а «гергин» могло быть искажением какого-либо тюркского слова или имени. Однако в этом случае не было бы очевидной связи с христианским именем Георгий, а греческая версия объясняет форму фамилии более естественно и полно. Поэтому основная и самая правдоподобная гипотеза — греко-русское происхождение, где прозвище «Чёрный Георгий» стало основой для фамилии потомков.