Фамилия Карагинина хранит память о происхождении человека, передаваясь из поколения в поколение. Её основа — тюркско-татарское имя Карагин, диалектный вариант имени Караген. Буквально это имя трактуется как «тот, кто посмотрел, взглянул». Однако у него было и другое значение — «желтая акация, золотарник». Обе трактовки возможны, но первая, связанная с действием, встречается в ономастике чаще: прозвища по характерному взгляду или зоркости давали людям нередко.

По другой версии, в основе фамилии лежит прозвище Карага, восходящее к топониму Карага — деревне в Корякском автономном округе. В этом случае предок Карагининых мог родиться или долгое время жить в этом населенном пункте. Версия с топонимом менее распространена: фамилии на -ин обычно образуются от личных имён, а не от географических названий без промежуточного прозвища. Поэтому первая гипотеза — от имени Карагин — выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карагинин — «потомок Карагина» или «человек из семьи Карагина». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. В данном случае исходная форма — Карагин, а не Карагиня, что подтверждает мужскую основу.