Фамилия Карагужин — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа и русский суффикс слились в одно целое. Чтобы понять её корни, достаточно посмотреть на первую часть: «Кара» в большинстве тюркских языков означает «чёрный», а «гуж» или «куж» — это либо «сила, мощь» (от древнетюркского küč), либо «глаз» (көз). Вторая версия менее вероятна для прозвища, но полностью не исключена. Таким образом, основа «Карагуж» — это тюркское прозвище, данное человеку за тёмные волосы или смуглую кожу в сочетании с силой («чёрная сила»), либо за чёрные глаза. Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карагужин, то есть сын или потомок Карагужа.

Фамилия образована по классической русской модели от прозвища, а не от имени. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от имён и профессий, -ин в русской традиции закреплялся за основами, оканчивающимися на -а, -я, а также за тюркскими корнями, которые не вписывались в славянскую морфологию. Поэтому Карагужин — не «сын Карагужа» в прямом смысле, а «человек из рода того, кого звали Карагуж».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русские и тюркские народы жили вперемешку: южный Урал, Оренбуржье, Башкортостан, отчасти Татарстан. Встречается она редко, и это не случайно: прозвище «Карагуж» не было распространённым личным именем, а скорее индивидуальной характеристикой. Носители фамилии, скорее всего, происходят из смешанных русско-башкирских или русско-татарских семей, где в XVIII–XIX веках при крещении или переходе в православие тюркское прозвище закрепили за родом через русский патронимический суффикс.

Сравните с однокоренными фамилиями: Карагулов (от «кул» — раб, слуга), Каракулов (от «кул» — озеро). Карагужин стоит особняком: суффикс -ин и редкая основа «гуж» делают её одной из тех фамилий, что не встречаются в массовых справочниках, но при этом хорошо читаются этимологически. Если ваш предок носил такую фамилию, он, вероятно, был выходцем из среды, где тюркское прозвище давали за внешность или физические качества, а фамилию оформили уже при записи в церковные книги.