Фамилия Карагужов — редкий случай, когда географический адрес почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. Основа фамилии — топоним Карагуж, который в разных вариантах (Карагуж, Карагужовка) встречается на карте Сибири и Урала. Самый известный — поселок Карагуж в Алтайском крае, в междуречье Бии и Катуни. Этот топоним, в свою очередь, тюркского происхождения: «кара» — черный, темный, «гуж» или «куж» — в диалектах озеро, заводь, старица, а также глухой лес, чаща. Таким образом, Карагуж — это «черное озеро» или «темный лес». Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Карагуж, а его потомки — фамилию Карагужовы.

Модель образования типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ов присоединяется к прозвищу на согласный. Форма «Карагужов» — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Карагужа. В данном случае суффикс работает не как указание на профессию или внешность предка, а как маркер места его выхода. Это так называемые «географические» фамилии, характерные для крестьянских и казачьих родов, которые массово заселяли Сибирь и Алтай в XVIII–XIX веках.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, связывает фамилию с тюркским личным именем Карагуж. У тюркских народов (например, у алтайцев, хакасов, телеутов) имя Карагуш (буквально «черная птица», «беркут») встречается часто. Оно могло быть переосмыслено русскими писцами как Карагуж — из-за схожести звучания или местного говора. Однако если бы в основе лежало имя, мы бы чаще видели форму Карагушев (от Карагуш), а не Карагужов. Появление твердого «ж» вместо «ш» указывает скорее на топоним, чем на личное имя.

В дореволюционных документах фамилия встречается преимущественно в Томской губернии и на Алтае — в Бийском и Кузнецком уездах. Носители были, как правило, государственными крестьянами или казаками. Никаких дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Сибири, что косвенно подтверждает ее локальное, «гнездовое» происхождение.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду с другими сибирскими фамилиями на -ов, образованными от местных названий: Ачинцев, Томсков, Иркутов. Но Карагужов отличается тем, что основа не взята напрямую от названия города (как Томск → Томсков), а прошла через стадию прозвища по населенному пункту. Это делает ее более архаичной и ценной для локальной генеалогии. Если ваши предки — Карагужовы, ищите корни в архивных метрических книгах Алтая, а не в тюркских словарях.