Фамилия Карагусов почти наверняка имеет тюркские корни. В её основе лежит составное имя или прозвище Карагус, где первая часть «кара» означает «чёрный», а вторая — «гус» восходит к тюркскому слову «куш» (птица) или к имени Гус (возможно, сокращение от Гусейн). Таким образом, исходное значение могло быть «чёрная птица» или «чёрный сокол» — образ, типичный для тюркских прозвищ, где цвет и животное указывали на внешность, характер или тотем предка.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: так на Руси записывали потомков тюркских выходцев, осевших в русских землях. Фамилия Карагусов, скорее всего, сложилась не в тюркской, а в русской языковой среде — её носителем стал сын человека по прозвищу Карагус. Подобные фамилии особенно характерны для регионов Поволжья, Приуралья и юга России, где веками жили татары, башкиры, казахи и другие тюркские народы.

Примечательно, что в русской записи фамилия сохранила начальный тюркский элемент «кара», но утратила оглушение на конце: в тюркских языках слово произносилось бы как Каракуш или Карагуш, а русское окончание -ов превратило его в привычную форму. Это делает Карагусов одним из тех антропонимов, которые несут в себе след межэтнического контакта — тюркское прозвище, обрусевшее через патронимический суффикс.

Известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что нередко для фамилий, не принадлежавших дворянским родам. В основном Карагусовы — потомки крестьян, казаков или мещан, чья родословная уходит в XVI–XVII века, когда в русские земли активно переселялись служилые татары и башкиры.