Фамилия Карагушев образована от тюркского имени или прозвища Карагуш. В основе лежит сложение двух слов: «кара» — «чёрный» и «кош» (в некоторых диалектах «куш») — «птица». Полный перевод — «чёрная птица». У ряда тюркских народов так называют беркута, крупного степного орла. Не исключено, что имя Карагуш возникло в среде, где сохранялись отголоски тотемизма: родовой покровитель-птица давал имя своему почитателю.

Обратим внимание на суффиксальную модель. Фамилия Карагушев оформлена по-русски: с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на шипящий или мягкий согласный. Исходная форма — Карагуш, а не Карагуйши, как иногда пишут. Вероятно, вариант Карагуйши — это диалектное или искажённое произношение, при котором конечный -ш смягчился до -йш. Более надёжная и простая версия: фамилия напрямую от имени Карагуш, которое фиксируется у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Есть и географическая привязка. В Башкортостане существует село Карагуш. Житель такого села мог получить прозвище по месту выхода, а затем и фамилию Карагушев. Это объяснение не противоречит первому: топоним Карагуш, скорее всего, тоже восходит к тому же тюркскому имени или названию птицы.

Таким образом, Карагушевы — потомки либо человека по прозвищу Карагуш (чёрный орёл), либо выходца из одноимённого села. Оба пути ведут к тюркской языковой среде, скорее всего — к татарской или башкирской. Фамилия редкая, её носители сосредоточены в основном в Поволжье и на Урале. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до служилых людей, но точных данных об этом нет.