Фамилия Каракаптан — одна из тех, что ясно указывает на тюркские корни носителя. Разбираем её по составу: «кара» — «чёрный», «каптан» — «кафтан». Выходит, что прозвище Каракаптан могли дать человеку, который постоянно носил чёрный кафтан. На Руси кафтан был распространённой верхней одеждой с глубоким запахом, его носили и крестьяне, и бояре, так что такая примета легко могла закрепиться.

География подсказывает, почему эта фамилия встречается на Украине. Украина издавна граничит с тюркским миром: рядом Крым, где веками жили крымские татары, и близость через море к Турции. Торговые и культурные контакты были постоянными, поэтому множество украинских фамилий имеют тюркскую основу. Каракаптан — как раз такой случай.

Есть и вторая, менее вероятная версия происхождения. Слово «каптан» в древнерусском языке означало «крытая зимняя повозка». Если принять эту гипотезу, то Каракаптаном могли прозвать извозчика, у которого была чёрная повозка. Однако первая версия — с одеждой — выглядит убедительнее: прозвища по предмету одежды встречаются гораздо чаще, чем по виду транспорта.

С точки зрения словообразования фамилия не получила типичного русского суффикса (-ов, -ев, -ин), а осталась в форме чистого прозвища. Это говорит о том, что она могла закрепиться в среде, где русская патронимическая модель была необязательна, — например, у казаков или в смешанных тюрко-славянских поселениях. Такая форма фамилии — дополнительный намёк на её южное, степное происхождение.