Фамилия Карахонов — одна из тех, где корень сразу бросается в глаза, но не даёт однозначного ответа. Основа «Карахон» звучит как прозвище, и её происхождение, скорее всего, тюркское. Самая прямая версия: от двух слов — «кара» (чёрный, тёмный) и «хан» (правитель, владыка). В тюркских языках «кара-хан» — это не обязательно титул реального хана, а прозвище, которое давали за суровый нрав, тёмные волосы или просто как почётное именование. Однако в русских фамилиях тюркские корни часто переосмыслялись, и «Карахон» могло быть не сложением, а самостоятельным прозвищем, скажем, от диалектного слова.

Вторая, менее очевидная версия — связь с калмыцким или монгольским словом «хара-хон» или «кара-хун», что может означать «чёрный человек» или «чёрный народ» (в смысле простой, незнатный). Но здесь важно не перепутать с фамилией Караханов, которая встречается чаще и почти всегда указывает на тюркское происхождение. Карахонов — форма на -ов, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ. Суффикс -он- в основе («Карахон») — редкий и нестандартный: обычно тюркские заимствования в русском языке дают «Карахан» или «Караханов». Наличие буквы «о» в конце корня может говорить о диалектном произношении или о том, что прозвище бытовало в среде, где тюркские слова адаптировали по-своему.

По географии фамилия Карахонов редкая. Встречается в основном в южных регионах России (Ростовская область, Краснодарский край) и в Поволжье — там, где исторически были контакты с тюркскими народами, татарами, ногайцами. Встречается и в казачьих списках, что неудивительно: донские и кубанские казаки нередко перенимали прозвища от соседей. Социальный состав носителей, судя по разрозненным данным XIX века, — крестьяне и казаки, то есть фамилия не дворянская, а народная, образованная от уличного прозвища.

Можно сравнить Карахонова с однокоренными фамилиями: Караханов, Карахонов — это разные варианты одного корня, но с разными суффиксами. Караханов — более «книжная» форма, близкая к титулу, а Карахонов — более просторечная, с русским суффиксом -он-, который мог возникнуть при склонении прозвища в родительном падеже: «сын Карахона». Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком с прозвищем Карахон — либо за внешность (смуглый, черноволосый), либо за характер (строгий, «ханский»), либо за происхождение от кого-то, кого так называли в тюркской среде.