Фамилия Карахончев образована от тюркского составного имени Карахон. Первая часть имени восходит к слову «кара» (qara), которое в тюркских языках означает не только «чёрный» или «смуглый», но и «грозный», «сильный». Вторая часть — «хон» (хан) — переводится как «правитель», «владыка». Таким образом, имя Карахон в дословном переводе означает «грозный и сильный правитель». Скорее всего, так называли мальчика в знатных или воинственных семьях, желая ему власти и несокрушимости.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Карахонч- (где -ч- — уменьшительный или принадлежный суффикс, характерный для тюркских имён при русификации) добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Карахончев, то есть потомок Карахона). Это типичная для южнорусских и казачьих регионов фамилия, где активно смешивались славянские и тюркские элементы. Встречается она преимущественно в Ростовской области, Ставрополье и Краснодарском крае — на тех землях, где веками соседствовали русские, татары, ногайцы и казахи.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на «кара», которые нередко указывали на внешность (смуглый, черноволосый), Карахончев почти наверняка несёт социальный, а не описательный смысл. Имя Карахон — не прозвище, а полноценное личное имя с претензией на статус. Встречаются и родственные формы: Караханов, Караханян, Карахонов, но именно форма Карахончев с суффиксом -ев сохраняет память о том, что предка звали именно Карахон, а не просто Хан.