Фамилия Карахончев восходит к мусульманскому мужскому имени Карахон. Оно образовано от тюркского слова qara, т.е. «черный, смуглый; грозный, сильный», и узбекского han — «хан, правитель». Таким образом, дословный перевод имени Карахон будет приблизительно выглядеть как «грозный и сильный правитель».