Фамилия Караконисов звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Она образована от прозвища или имени, имеющего тюркские корни, и указывает на вероятные этнические или географические связи предков. В основе лежит слово «кара», что в большинстве тюркских языков означает «черный», и «конис» — вариант апеллятива «конус» или, что более вероятно, искаженное «кумыс» (кисломолочный напиток из кобыльего молока). Таким образом, прозвище Караконис могло означать «черный кумыс» — либо по цвету напитка, либо как метафорическое прозвище человека, который его готовил или торговал им. Менее убедительна версия, связывающая вторую часть с греческим «конис» (пыль, прах), так как фамилия нехарактерна для греческой ономастики.

Словообразовательная модель фамилии — русская. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Караконисов — «сын Каракониса» или «из рода Каракониса». Такая модель типична для фамилий, которые оформлялись в русской среде в XVI–XIX веках, когда прозвища или имена инородцев русифицировали через добавление патронимического суффикса. Фамилия могла закрепиться у потомков татарских, башкирских, казахских или ногайских выходцев, перешедших на русскую службу или осевших в южнорусских и поволжских областях.

География фамилии узкая. Караконисовы встречаются в основном в Ростовской области, Ставропольском крае и на Кубани — регионах, где исторически было сильное влияние тюркских народов и казачества. Возможно, предок-носитель прозвища занимался коневодством или приготовлением кумыса, что было распространенным ремеслом у степных народов. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к казакам или государственным крестьянам, реже — к однодворцам.

В отличие от фамилий с прозрачной славянской этимологией, Караконисов — яркий пример культурного пограничья. Она не имеет аналогов в центральных русских губерниях и не встречается в старых боярских списках. Это фамилия, которая говорит о смешении традиций: тюркское прозвище, обрусевшее через суффикс, и историческая привязка к южным рубежам России. Встречаются единичные случаи написания через «а» (Караконасов), но вариант с «и» — основной и документально закрепленный.