Фамилия Каракожаев — редкий случай, когда основа говорит о внешности предка почти без иносказаний. Она образована от тюркского прозвища Каракожа, где «кара» — «чёрный, смуглый, тёмный», а «кожа» (или «ходжа») — почётный титул, обозначающий наставника, учителя, знатного человека или того, кто совершил паломничество в Мекку. Вместе это даёт значение «чёрный ходжа» или «смуглый наставник». Скорее всего, прозвище получил человек с тёмными волосами или смуглой кожей, который при этом пользовался уважением или имел отношение к духовному сословию. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии: Каракожаев — «сын Каракожи».

Интересно, что фамилия несёт в себе следы межэтнического контакта. Тюркская основа «кожа» (ходжа) — арабского происхождения, широко распространённая у народов Средней Азии, татар, башкир, казахов и ногайцев. Русский суффикс -ев добавлялся при адаптации фамилии в документах Российской империи, особенно в среде крещёных татар или при переходе в православие. Если предки оставались мусульманами, фамилия могла писаться без суффикса, как Каракожин или Каракожа, но форма Каракожаев — результат официальной записи по русской модели.

Географически фамилия встречается в Поволжье, на Южном Урале и в Казахстане. У башкир и татар есть однокоренные фамилии Караходжин, Караходжаев, что подтверждает общность корня. Встречается и вариант Каракужаев — с заменой «о» на «у» под влиянием местного произношения.

В социальном плане предки-Каракожи могли быть муллами, учителями при медресе или зажиточными крестьянами, получившими прозвище по должности. Но не стоит исключать и бытовую версию: «чёрным ходжой» в шутку могли называть и просто смуглого человека, который вёл себя важно или носил чалму. В любом случае фамилия отражает конкретную внешнюю черту, закреплённую в почётном звании, — сочетание редкое и запоминающееся.