Фамилия Каракушан — редкий пример того, как в одном слове сплелись тюркская мифология, титул правителя и бытовое прозвище. Её основа — прозвище Каракуш, которое складывается из двух турецких слов: kara («чёрный») и kus («птица»). Такое прозвище могли дать человеку с тёмными волосами, смуглой кожей или, что вероятнее, за сходство с хищной птицей — быстрый, зоркий, независимый.

Сложнее с суффиксом или вторым корнем «-ан». В фамилии он, скорее всего, восходит к тюркскому «хан» — «правитель, владыка». Получается двусоставная конструкция: «чёрная птица-хан». Но это не просто прозвище — Каракуш-кан (или Каракуш-хан) занимает важное место в мифологии алтайских народов. У тубаларов и северных алтайцев Каракуш-кан считается сыном Ульгеня, верховного божества, и главой всех сверхъестественных помощников шамана. По поверьям, во время камлания (ритуального путешествия шамана) Каракуш-кан сопровождает кама, подносит духу брагу и уносит домой берестяной туес, в котором брага была. Этот образ почитают и бурханисты — последователи алтайского религиозного движения бурханизма.

Таким образом, фамилия Каракушан могла закрепиться за потомками шаманов или людей, связанных с культовыми практиками. Либо же — за человеком, которого в быту прозвали Каракушем за внешность или повадки, а со временем к основе прирос тюркский титульный элемент «-ан». Вариант с прямым заимствованием мифологического имени в фамилию тоже возможен: в тюркской ономастике нередко брали имена духов или эпических героев как личное имя, которое затем переходило в фамилию.

Географически фамилия должна тяготеть к регионам, где исторически жили тюркоязычные народы с шаманскими традициями: Алтай, Хакасия, Тува, а также южный Урал и Поволжье (татары, башкиры). Однако точных данных о распространении Каракушан в современных архивах мало — фамилия редкая, в общероссийских списках встречается единично. Это может говорить о том, что она либо локально закрепилась в одном роду, либо со временем изменила форму (например, на Каракушев или Каракушин, что встречается чаще).