Фамилия Каракушева образована от мужского прозвища Каракуш. В его основе — тюркское «кара» (чёрный) и «куш» (птица). Дословно — «чёрная птица». В тюркских языках так могли назвать человека за смуглую кожу, тёмные волосы или за особую стать, повадку, напоминающую крупную хищную птицу — беркута или ястреба. Прозвище Каракуш встречается у татар, башкир, ногайцев и других тюркских народов, а на русской почве фамилия закрепилась через суффикс принадлежности -ев, который присоединяли к основам на согласный. Форма Каракушева — женская, мужской вариант — Каракушев.

Фамилия эта довольно редкая. Её географическое ядро — южный Урал и Поволжье, особенно Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и в среде кавказских народов, например у кумыков, где модель образования фамилии та же, но с местными особенностями произношения. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков прозвища с компонентом «кара» фиксировались регулярно: Карамышев, Каратаев, Караулов — все они тюркского происхождения. Каракушев стоит в этом ряду, но реже встречается, что говорит о более локальном бытовании прозвища.

Словообразовательная модель простая: основа Каракуш + патронимический суффикс -ев. Такая конструкция типична для фамилий, возникших в среде служилых татар и башкир, переходивших на русскую службу в XVI–XVII веках. Их потомки нередко получали фамилии по прозвищу отца, и суффикс -ев указывал на принадлежность: «сын Каракуша». Никаких дополнительных суффиксов вроде -ин или -ский здесь нет, что подтверждает прямое и раннее происхождение.

В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» разбираются фамилии тюркского происхождения, и модель «кара + существительное» упоминается как одна из продуктивных. Однако сам пример Каракушев у Унбегауна не приводится — фамилия остаётся за пределами его сводного списка, что лишний раз подчёркивает её нечастотность. Если бы предок носителя фамилии был не прозван, а крещён, фамилия строилась бы от канонического имени (Иванов, Петров), но здесь мы видим именно прозвище, а не крестильное имя.

Таким образом, носитель фамилии Каракушева может с высокой вероятностью считать, что его предки говорили на одном из тюркских языков, а прозвище Каракуш закрепилось за старшим в роду, возможно, за воином или охотником, которого сравнивали с чёрной птицей. Никаких документальных подтверждений дворянского или крестьянского происхождения по этой фамилии нет, но по косвенным признакам — служилая среда, тюркская основа, суффикс -ев — можно предположить, что предки относились к служилым людям или ясачным крестьянам юго-восточных окраин России.