Фамилия Карапетре — редкий случай, когда географический указатель в суффиксе перевесил само имя. Это фамилия не по отцу и не по профессии, а по месту, откуда человек пришёл или где жил. Суффикс -е в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на западнославянское или южнославянское влияние (сравните с украинскими фамилиями на -енко или польскими на -ец). В данном случае -е — это вариант окончания, который мог закрепиться в документах при русификации греческой или армянской фамилии.

Основа «Карапет» — это армянское мужское имя Карапет (Կարապետ), которое восходит к греческому «Иоанн Предтеча» (буквально «предвестник»). В армянской традиции это имя было очень популярно, особенно среди духовенства и ремесленников. Соответственно, исходная фамилия звучала как Карапетян (армянский патроним) или Карапетов (русский вариант). Форма Карапетре, скорее всего, возникла в среде греков Приазовья или понтийских греков, которые активно смешивались с армянами в Крыму и на Кубани. В греческом языке суффикс -е мог передавать принадлежность к роду или местности, а окончание застыло в русской записи как «Карапетре» вместо более привычного «Карапетов».

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был либо армянином, перешедшим в греческую общину, либо греком, носившим армянское имя. В XIX веке на юге Российской империи (Таврическая губерния, Екатеринославщина, Кубань) такие смешанные фамилии были обычным делом: переселенцы записывались на слух, и чиновник фиксировал окончание, которое слышал. Если бы фамилия оформлялась по русской модели, она стала бы Карапетовым или Карапетяном. Суффикс -е выдает южное, скорее всего, греческое происхождение записи.

Сословно носители фамилии Карапетре, скорее всего, относились к мещанам или государственным крестьянам — типичным переселенцам из Османской империи или Крыма. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня фамилия встречается единично, в основном на юге России и в Краснодарском крае, что подтверждает её локальный, «записной» характер.