Фамилия Каркатов — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В ней сразу бросается в глаза корень «каркат», который не встречается в современном русском литературном языке в качестве самостоятельного слова. Скорее всего, в основе лежит прозвище или диалектное название.

Самый прямой путь — связать фамилию с диалектным глаголом «каркать» или однокоренными словами. В русских говорах «каркать» означает не только крик вороны, но и «ворчать», «браниться», «предвещать недоброе». Прозвище Каркат могли дать человеку с хриплым, резким голосом, ворчуну или тому, кто любил делать мрачные предсказания. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей сын?» — Каркатов, то есть потомок Карката.

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование, — связь с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «каркат» или близкие формы могут означать «смотреть», «глядеть» (ср. казахское «қарау»). В таком случае прозвище могло относиться к зоркому, наблюдательному человеку или, наоборот, к тому, кто «высматривает», подглядывает. Однако эта гипотеза слабее, так как для фамилий на -ов тюркская основа с таким окончанием нетипична — обычно тюркские заимствования адаптируются иначе (например, Каратаев).

Географически фамилия редкая. Встречается спорадически, без выраженного «гнезда» в одном регионе. Это говорит о том, что она могла возникнуть в разных местах независимо, от разных прозвищ, или принадлежала малому, локальному роду. В дореволюционных источниках Каркатовы не фигурируют среди известных дворянских или купеческих родов — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от внутрисемейного прозвища.

С точки зрения словообразования примечательно, что основа оканчивается на твёрдый согласный -т, что для прозвищ на -а/-я (Карката) нехарактерно. Это намекает на то, что исходное прозвище звучало именно как Каркат — краткая, грубоватая форма, типичная для деревенских прозвищ (ср. Скрип, Грохот, Стук). Фамилия Каркатов — один из примеров того, как за неблагозвучным или странным на первый взгляд словом стоит живая, пусть и забытая, речевая практика.