Фамилия Каркина образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы через суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Каркин сын, Каркина дочь). Поэтому её ядро — мужское прозвище или имя Карка, а сама фамилия бытует как в мужском (Каркин), так и в женском (Каркина) варианте.

Значение фамилии напрямую связано с тем, что означало слово «карка» в старых русских говорах. Здесь возможны два основных пути. Первый — прозвище по птице: каркой на Руси называли ворону, галку или сороку. Человек мог получить такое прозвище за голос, внешность (например, за чёрные волосы) или за привычку тащить всё, что плохо лежит. Второй, менее очевидный, но лингвистически более интересный вариант — связь с диалектным глаголом «каркать» в значении «ворчать, браниться, предвещать недоброе». В этом случае Каркой называли сварливого, брюзгливого человека или того, кто любил пророчить неприятности.

Спор о происхождении основы решается в пользу прозвища, а не крестильного имени: в православных святцах имени Карка нет. Однако существует редкая версия, что Карка — это уменьшительная форма от крестильного имени Карп (через форму Карпка). Она маловероятна, поскольку в русской ономастике переход «Карпка → Карка» нехарактерен — обычно такие сокращения дают фамилии на -ов (Карпов), а не на -ин.

География фамилии показывает её связь с северными и центральными регионами России, особенно с Архангельской, Вологодской и Костромской областями. Там слово «карка» в значении «ворона» было особенно употребительно. Социально предки носителей фамилии Каркины чаще всего были крестьянами или посадскими людьми — прозвища по птицам и поведению давали в простонародной среде, а не в дворянской.

Таким образом, фамилия Каркина — это классический пример русского «птичьего» прозвища, которое закрепилось за родом. Её носитель мог получить фамилию от предка, которого дразнили за картавость, ворчливость или за сходство с вороной.