Фамилия Карькина — женская форма фамилии Карькин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени далёкого предка по мужской линии. Основа фамилии — слово «карька». В русских говорах так называли ворону (от звукоподражательного «кар»). Прозвище Карька могли дать человеку с чёрными, как вороново крыло, волосами, с хриплым или громким голосом, а то и просто за смуглую кожу. В этом случае фамилия относится к «птичьей» группе, такой же, как Воробьёв, Соколов или Галкин, но с более узкой диалектной основой.

Однако есть и другая, не менее вероятная версия. «Карька» — это уменьшительная форма крестильного имени Карий, которое, в свою очередь, восходит к греческому «кариос», что значит «дорогой, милый». В святцах такое имя встречается редко, но в народе его могли давать как охранительное, пожелательное имя. В этом случае фамилия Карькин — из разряда «полуимен», когда полное церковное имя сокращали и добавляли суффикс принадлежности: Каря → Карька → сын Карьки → Карькин.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность к конкретному человеку: чей? — Карькин, то есть сын Карьки. Такая модель образования типична для северных и центральных областей России. Фамилия довольно редкая и локальная. Встречается преимущественно в Поволжье и в бывших вотчинах Строгановых на Урале, что может говорить о её раннем закреплении среди крестьян и посадских людей, а не дворянства. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне с прозвищем Карька, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение фамилии.