Фамилия Кармакидова — женская форма фамилии Кармакидов, и её редкость сразу бросается в глаза. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев образуются в основном от основ, оканчивающихся на согласный, а на -ин — от основ на -а/-я. Здесь же мы видим суффикс -ов, присоединённый к основе «Кармакид», что уже нестандартно. Сама основа заставляет задуматься: скорее всего, перед нами не прозвище, а фамилия, образованная от отчества или имени, которое в свою очередь могло иметь греческое или церковное происхождение.

Вероятнее всего, корень «Кармакид» восходит к греческому имени Кармакий или Кармакис. В греческой традиции такие имена нередко заканчивались на -идис или -акис, что при русификации давало форму «Кармакид». Подобные фамилии характерны для южнорусских регионов, особенно для территорий, где было сильно влияние греческой диаспоры — например, для Приазовья, Крыма или Новороссии. Там греческие переселенцы, получая русские паспорта, часто русифицировали свои фамилии, добавляя типичные русские суффиксы. Так Кармакидис или Кармакис мог превратиться в Кармакидова.

Менее вероятна, но возможна версия, что основа связана с тюркским словом «кармак» — «крюк», «удочка». В таком случае прозвище Кармак дали бы рыбаку или человеку с цепким, хватким характером. Но тогда фамилия ожидалась бы в форме Кармаков или Кармакин, а не Кармакидов. Суффикс -ид здесь чужероден для тюркских заимствований, поэтому эта версия слабее.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: в дворянских родословных книгах Кармакидовы не фигурируют, а значит, скорее всего, предки были крестьянами или мещанами. Географически фамилия встречается в основном в южных областях России, что косвенно подтверждает греческую гипотезу. Таким образом, Кармакидова — это редкий пример фамилии, где за русским окончанием стоит греческое имя, адаптированное в среде переселенцев.