Фамилия Карнетов — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не географическое название, а слово с очевидным «иноземным» звучанием. Первое, что приходит в голову: не связано ли это с карнетом — французским словом «carnet», то есть записная книжка, блокнот? Такая версия есть, но она почти наверняка ошибочна. В русской среде XVIII–XIX веков «карнетом» называли не книжку, а дамскую сумочку или кошелёк для мелочей. Однако прозвище по такому предмету маловероятно: слишком узкая и небытовая деталь для крестьянской или мещанской среды, где фамилии и складывались.

Гораздо убедительнее версия, связывающая фамилию с тюркским или кавказским корнем. В ряде тюркских языков «карнет» или близкие формы означают «черный» (ср. кара — чёрный). Суффикс -ов указывает на русскую модель образования: «чей?» — Карнетов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Карнет. Такое прозвище могли дать смуглому, черноволосому человеку или, например, тому, кто носил чёрную одежду. Ареал фамилии — южные регионы России, Поволжье, области, граничащие с тюркским миром, что косвенно подтверждает эту гипотезу.

Есть и более прозаичный вариант: фамилия могла возникнуть как искажение или вариант написания фамилии Корнетов. Корнет — это военный чин в кавалерии, соответствующий прапорщику. Если предок служил корнетом, его дети могли получить фамилию Корнетов, но при записи в метрических книгах неграмотный писец мог написать «Карнетов» на слух, под влиянием акающего произношения (корнет звучало как «карнет»). Такие фонетические замены — частая история в русской ономастике.

Известных носителей фамилии Карнетов в истории почти нет — это говорит о том, что фамилия оставалась локальной и не поднялась выше своего сословия. Скорее всего, это фамилия однодворцев, казаков или государственных крестьян южных губерний. Её редкость и неочевидная этимология делают её особенно ценной для тех, кто ищет нешаблонный след в родословной.