Фамилия Карнукаев — звонкая и редкая, её корни уходят в кавказское пограничье, а точнее — в осетинскую или ингушскую языковую среду. Чтобы разобраться в её происхождении, стоит отойти от стандартной русской модели фамилий на -ов/-ев и посмотреть на суффикс -аев: он характерен для тюркских и северокавказских фамилий, где указывает на принадлежность к роду или потомку (буквально «сын такого-то»). В осетинском языке, например, фамилии нередко заканчиваются на -ты/-та, но при русификации через русскую администрацию в XIX–XX веках они получали окончание -ев или -ов. Однако в случае Карнукаев основа явно не русская.

Вероятнее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Карнука (или Карнук). В осетинском языке есть слово «карн» (къарн) — «ворон», а также «къарна» — «чёрный, тёмный». Ворон в кавказской мифологии — не просто птица, а вещий спутник, символ мудрости и предупреждения. Если добавить к этому тюркский суффикс -ук/-ык, образующий уменьшительные или ласкательные формы, то Карнук могло означать «черненький» или «воронёнок» — прозвище по цвету волос, смуглой коже или даже по характеру (молчаливый, наблюдательный). В ингушском языке тоже есть корень «карн» со значением «чёрный», а фамилии на -аев типичны для ингушей (например, Аушев, Барахоев). Так что Карнукаев — это «потомок Карнука», человека с тёмным прозвищем.

Географически фамилия привязана к Северной Осетии и Ингушетии, но встречается и среди других народов Кавказа, а также в среде казачества, которое активно смешивалось с горцами. Есть версия, что Карнукаев — это русифицированная форма осетинской фамилии Карнукаты (где -ты — осетинский родовой суффикс). В таком случае предки были из равнинных или предгорных селений, где осетины-иронцы издавна занимались скотоводством и земледелием. Социальный статус носителей, скорее всего, был крестьянским или воинским: на Кавказе фамилии редко указывали на дворянство, чаще — на родовую общину.

В русском языке фамилия сохранила кавказский акцент: ударение, по аналогии с другими фамилиями на -аев, падает на последний слог — Карнука́ев. Встречаются варианты написания через «о» (Карнокаев) или с одной «а» (Карнукев) — это следствие неграмотной записи в метрических книгах или советских паспортах, когда писарь на слух передавал местное произношение. Если ваш предок носил такую фамилию, он почти наверняка был выходцем с Центрального Кавказа, из осетинского или ингушского общества, а само прозвище могло закрепиться за ним из-за внешности или повадок — как у ворона, которого на Кавказе уважали, но побаивались.