Фамилия Корнукаев — редкий пример, где прозвищная основа совмещается с нетипичным для русской модели суффиксом. Если сразу ответить на главный вопрос: фамилия образована от прозвища Корнукай. Но чтобы понять, что оно значило, нужно разобрать его по частям.

Основа «Корнук-» почти наверняка восходит к тюркскому корню «корн» или «курн» — в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) это слово означает «слепой» или «плохо видящий». Вторая часть «-ай» — это распространенный в тюркской антропонимии аффикс, образующий прозвища и имена (сравните: Толмай, Каратай). Таким образом, Корнукай — это человек, которого прозвали «слепым» или «подслеповатым». Прозвище могло быть дано из-за реального дефекта зрения или как ироничное — тому, кто чего-то не замечал.

Главная особенность фамилии — суффикс «-аев». В русской фамильной модели стандартным было бы «Корнуков» (от основы Корнук). Но суффикс «-аев» указывает на то, что исходное прозвище звучало как Корнукай, а не Корнук. Это типичная модель для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов Поволжья (татар, мишарей, башкир) или у горских народов Кавказа (осетин, ингушей, чеченцев), где русский суффикс «-ев» присоединяли к именам, оканчивающимся на «-ай». Географически фамилия Корнукаев встречается преимущественно в Северной Осетии и Ингушетии, что подтверждает её кавказскую привязку.

В ономастических работах эта фамилия не относится к числу подробно описанных, но её структура прозрачна. Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или горцев-скотоводов, где прозвища были особенно цепкими. Возможна и более редкая версия: от имени Корнука — усечённой формы христианского имени Корнилий (через тюркское посредничество). Но против этого говорит сохранение конечного «-ай» — для имён, адаптированных из греческого, такой переход нетипичен.

В написании фамилии возможна путаница с похожей, но иной по происхождению фамилией Корнуков (от «корнук» — так в некоторых говорах называли горшок или кувшин). У Корнукаева же тюркская основа очевидна, и её значение — не ремесло, а внешняя или поведенческая характеристика предка.