Фамилия Карпухов в основе своей имеет имя Карпуха — это разговорная, обиходная форма от церковного имени Карп. Само имя Карп пришло на Русь из греческого языка, где слово «карпос» означало «плод» или «польза». В крестьянской и мещанской среде полные имена часто заменяли на ласковые или уменьшительные варианты, и Карпуха — один из них. Суффикс -ух- в русской антропонимии характерен именно для народных, неофициальных форм: вспомните Петруха, Митюха, Ванюха. Соответственно, фамилия Карпухов буквально означает «сын Карпухи» или «потомок того, кого звали Карпухой».

Однако есть и другая версия происхождения, и она не менее интересна. В дохристианской, языческой традиции имя могло быть не производным от Карпа, а самостоятельным мирским прозвищем — от названия рыбы карп. Называя ребёнка Карпухой, родители верили, что через имя к нему перейдут качества этого существа: плодовитость, выносливость, способность приносить пользу. Такие «рыбные» имена встречались на Руси довольно часто — Ёрш, Окунь, Сом, Лещ. В этом случае фамилия Карпухов оказывается не столько «сыновней», сколько прозвищной, указывающей на то, что родоначальник либо был похож на карпа (например, был полноват и медлителен), либо промышлял ловлей этой рыбы.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: основа Карпух- плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Такая модель была самой распространённой в центральной России и на севере. Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных областях — там, где было много Карпов (имя) и где водился карп (рыба). В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не выделяется как редкая или аристократическая; её носители — в основном крестьяне и мещане.

Если говорить о социальном контексте, то в XVIII–XIX веках фамилию Карпухов могли получить люди, чьих предков действительно звали Карпухами. В ревизских сказках и метрических книгах имя Карпуха встречается нечасто, но стабильно — в основном в слободах и сёлах Воронежской, Курской, Тамбовской губерний. Таким образом, фамилия Карпухов — это не выдумка и не позднее искусственное образование, а живой след народной ономастики, где имя и прозвище могли сливаться воедино.