Фамилия Карпухов образована от имени Карпуха — одной из форм канонического мужского имени Карп, которое восходит к греческому karpos – «приносить пользу». Также не исключено, что в основе фамилии лежит мирское имя Карпуха, данное по названию рыбы карп. Давая младенцу такое имя, как Карпуха, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное или растение. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпуха, со временем получил фамилию Карпухов.