Фамилия Карпусенко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась по всей территории современной Украины. Суффикс -енко буквально означал «сын» или «потомок», поэтому носитель такой фамилии — это «сын Карпуся». В основе фамилии лежит имя Карпусь.

Карпусь — это уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Карп. Само имя Карп пришло из греческого языка, от слова «karpos», что переводится как «плод» или «приносить пользу». В христианской традиции это имя связывали с пользой и плодородием.

Существует и другая, менее вероятная версия происхождения. Согласно ей, имя Карпусь могло быть не христианским, а народным, языческим — его давали в честь рыбы карпа. В древности родители верили, что, называя ребенка именем животного или рыбы, они передают ему качества этого существа. Считалось, что природа воспримет такого ребенка как «своего», а к нему перейдут полезные свойства рыбы — плодовитость, выносливость или живучесть.

С точки зрения словообразования, фамилия Карпусенко — одна из многочисленных вариаций на ту же основу. Сравните с однокоренными фамилиями: Карпенко (самая распространённая форма, прямая от имени Карп), Карпухин (русский вариант с суффиксом -ин), Карпусь (без изменений) или Карпушевский (с польско-украинским суффиксом -ский). Именно суффикс -енко и редкая уменьшительная форма Карпусь делают фамилию уникальной — она сразу указывает на украинское происхождение и на то, что предка звали не просто Карпом, а ласково — Карпусь.