Фамилия Карпусёв — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. Самое очевидное предположение — связь с именем Карп, но между «Карпов» и «Карпусёв» лежит целая словообразовательная пропасть. Суффикс -ус- в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на то, что перед нами не прямое крестильное имя, а его производная, часто прозвищная форма. Карпус — это не официальное имя, а обиходное, возможно, ласкательное или, наоборот, ироничное прозвище человека по имени Карп. Такая модель (основа + -ус + -ёв) характерна для юго-западных русских земель и для белорусского ареала, где суффикс -ус- был продуктивен в прозвищах.

Есть и другая, менее очевидная версия. В польском и белорусском языках «karpuś» (карпусь) — это уменьшительное от «карп», то есть маленькая рыбка. Прозвище Карпус могли дать невысокому, щуплому человеку или, с обратной иронией, крупному мужчине. Фамилия Карпусёв тогда встраивается в ряд «рыбных» прозвищ: Ершов, Окунев, Щукин. Интересно, что ударение в фамилии падает на последний слог — Карпусёв, а не Карпусов, что закрепляет именно прозвищную, а не патронимическую природу: суффикс -ёв (под ударением) типичен для фамилий, образованных от слов с беглой гласной или от мягкой основы.

В отличие от массовой фамилии Карпов, которая просто означает «сын Карпа», Карпусёв несёт в себе оттенок индивидуальной характеристики. Предок носителя этой фамилии — не просто «Карпов сын», а человек, которого в деревне знали под прозвищем Карпус: либо как уменьшительное от имени, либо как шутливое «рыбное» прозвище. Фамилия осталась локальной, встречается преимущественно в центральных и западных областях России, а также в Беларуси, что подтверждает её западнорусские корни.