Фамилия Карпускул — редкий случай, когда прозвище или имя не обрастало типичными русскими суффиксами, а сохранилось в почти неизменной латинской форме. В основе лежит слово «карп» — рыба семейства карповых. Но не спешите записывать предка в рыбаки: латинское «carpa» (карп) дало в европейских языках и научное название, и уменьшительно-пренебрежительное «карпускул» (маленький карп, карпик). Такое прозвище мог получить человек с несколько рыбьей внешностью — например, с большими глазами или ртом, либо же с медлительным, «сонным» характером, который ассоциировали с этой рыбой.

Суффикс -ул- в русских фамилиях встречается нечасто, но он характерен для юго-западных и польских влияний. В польском языке «karp» — карп, а «karpik» или «karpusek» — уменьшительные формы. Окончание на твёрдый согласный (-ул) указывает на то, что фамилия могла быть русифицирована из польской или украинской формы, где суффикс -ек дал бы Карпусек. Встречается вариант Карпускул — возможно, под влиянием латинской терминологии (как «корпускула» — частица), но это позднее переосмысление.

Сословная принадлежность носителей неочевидна. Фамилии на -ул редко встречались у крестьян центральной России; скорее, это выходцы из мелкопоместной шляхты или мещанства западных губерний (Витебской, Могилёвской, Гродненской). Там прозвища часто давали по внешним признакам, и «маленький карп» — не обидное, а скорее бытовое, описательное имя. Встречается фамилия и у еврейского населения тех же регионов — как искусственное образование при переходе на фамилии в XIX веке, когда брали названия рыб в уменьшительной форме.

Разбор по составу прост: корень «карп-», суффикс «-уск» (или «-ул» с наращением «-ск-» в некоторых говорах), окончание нулевое. Исходное значение — «сын Карпа» или «маленький Карп», но Карп здесь не имя, а прозвище. Ударение в фамилии плавающее: в русской традиции чаще на последний слог (Карпуску́л), в польской — на второй (Карпу́скул).