Фамилия Карпушев образована от имени Карпуша — просторечной, обиходной формы канонического мужского имени Карп. Само имя Карп восходит к греческому слову karpos, что означает «приносить пользу» или «плод». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не род занятий, а личное имя, которое давали при крещении.

Модель образования здесь типична для русских фамилий: к основе на -а (Карпуша) добавляется притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Карпушев, то есть сын Карпуши). Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкостью конечного согласного основы. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где формы типа Карпуша, Мишута, Ванюша встречались чаще, чем в южных регионах.

Стоит отметить, что имя Карп было довольно популярно в крестьянской и купеческой среде, особенно в XIX веке. Среди известных носителей имени — Карп, один из семидесяти апостолов, что обеспечило имени устойчивое место в святцах. Однако фамилия Карпушев встречается не так часто, как, например, Карпов, что говорит о её более локальном бытовании. В отличие от фамилии Карпов, которая прямо указывает на отца по имени Карп, Карпушев фиксирует именно уменьшительно-ласкательную форму, что могло отражать неформальное, домашнее именование предка в кругу семьи или общины.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу и центру России. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Карпуша, например, в Новгородской и Тверской губерниях. Позднее, в XIX веке, носители фамилии фиксируются также в Курской и Воронежской губерниях, что может быть связано с переселенческими потоками.

В ономастике нет единого мнения о том, могла ли форма Карпуша быть не только производной от Карпа, но и самостоятельным прозвищем, образованным от диалектного слова «карпуша» — так в некоторых говорах называли рыбу карп или карася. Однако эта версия менее правдоподобна: прозвища от названий рыб обычно давали не по имени, а по внешнему сходству или привычкам, и в этом случае скорее возникла бы фамилия Карпушкин или Карпушин. Преобладание суффикса -ев указывает на патронимическое происхождение от личного имени.