Фамилия Карпушин образована от имени Карпуша — одной из народных, обиходных форм канонического мужского имени Карп. Само имя Карп восходит к греческому слову karpos, что означает «приносить пользу» или «плод». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище, а личное имя, и носитель фамилии — это потомок человека, которого в быту звали Карпуша.

Суффикс -ин указывает на модель образования, типичную для русских фамилий, произошедших от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае Карпуша дало форму «чей?» — Карпушин, то есть «сын Карпуши» или «принадлежащий Карпуше». Это одна из самых распространённых словообразовательных схем в северных и центральных регионах России.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов (Карпов), которые тоже идут от имени Карп, вариант Карпушин встречается реже. Он более «домашний», поскольку образован не от полной, а от уменьшительной формы. В старину такие фамилии часто закреплялись в крестьянской и мещанской среде, где в обиходе использовали не полное имя, а его сокращённый вариант.

Споров о происхождении здесь почти нет: версия с греческим корнем karpos — основная и общепринятая в ономастике. Редкие альтернативные гипотезы, связывающие фамилию с названием рыбы карп, лингвистически слабы, так как в русской традиции прозвища от названий рыб образовывались иначе (например, Карпов, а не Карпушин). Поэтому наиболее правдоподобно считать, что предки носителей фамилии Карпушин были людьми, носившими имя Карп в его уменьшительной форме.