Фамилия Карпушина происходит от уменьшительной формы Карпуша, которая, в свою очередь, образована от мужского имени Карп. Это имя пришло на Русь из греческого языка, где слово «karpos» означало «плод» или «приносить пользу». Таким образом, в основе фамилии лежит не столько прозвище, сколько церковное имя, которое давали при крещении. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карпушина — это «дочь (или жена) Карпуши». В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и закрепились в северных и центральных губерниях, тогда как на юге и востоке преобладали фамилии на -ов.

Интересно, что имя Карп в народной среде нередко связывали с одноимённой рыбой, что порождало дополнительные прозвища, но в данном случае прямой связи с рыбой нет — форма Карпуша чисто уменьшительно-ласкательная. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Карпушина — это типичная «патронимическая» фамилия, то есть указывающая на отца или деда по имени. Встречается она в основном в центральных областях России, в частности в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниях, где имя Карп было особенно популярно в XVII–XIX веках.